第2集:[再会]
　　
　　大天使在地球补给.斯科特受邀请去参加兰瑟和希拉的婚礼,了解了海顿人阴谋的兰瑟,伦克,伦德等人决定加入大天使号!希拉表示反对,希拉认为兰瑟的战争已经结束了应该和其他人一样享受和平,萝克和安妮也同意希拉的意见!兰瑟则认为为了和平必须有人去战斗.斯科特认为自己的前队友们已经有了家庭不该再参加战争了.兰瑟暂时答应希拉留下来和伦克他们一起务农.大天使出发前,兰瑟悄悄离开希拉参加了军队.斯科特很气愤,但兰瑟告诉斯科特自己痛恨战争,可为了保护希拉他愿意重回战场,而且自己的父亲和弟弟也在SDF-3上面!马库斯在一旁听到了他们的谈话,想到自己和阿列克斯.赶到的希拉目送大天使离开并请求艾丽尔和斯科特照顾兰瑟.在大天使上兰瑟和贾妮斯开展歌舞会,并各自拥有了自己的FANS团!
　　
第3集:[男人]
　　
　　大天使开始折叠回中子弹实验地点.与海顿人遭遇,兰瑟和斯科特英勇战斗!危机时刻,斯科特叫艾丽尔带兰瑟离开,自己留下断后.但是关键时刻兰瑟把生的机会让给了斯科特牺牲了自己!斯科特很难过认为自己没有保护好兰瑟,更加无法面对希拉,艾丽尔想安慰斯科特却无法开口.这时感觉到兰瑟出事的希拉来到了大天使号!她的责问使艾丽尔很难过!马库斯站出来,告诉希拉:兰瑟和斯科特是真正的朋友,愿意为对方付出生命,就像他和阿历克斯.而且兰瑟不仅仅是为了履行军人的义务才加入远征军.兰瑟是为了保护自己所爱的人---希拉才再次战斗!因为海顿人准备消灭全部使用史前能量种族,因唯德人也逃不过!希拉暂时安静,她决定去找瑞吉斯,临走前希拉希望艾丽尔不要像自己失去兰瑟那样失去斯科特.贾妮斯COPY了兰瑟最后唱的歌,并将它交给了希拉.
　　
第4集:[好消息,坏消息]
　　
　　玛雅听了马库斯的话,告诉马库斯她觉得马库斯成熟了许多,更有男人味了!马库斯很不好意思,艾丽尔说:一个女生如果暗示某某人很有男人味就表示她喜欢上了某人.叫马库斯把握机会!马库斯则感谢艾丽尔,说是她教会他更加珍惜别人的生命并重新理解牺牲的含义.然后马库斯对斯科特和艾丽尔承认,对于玛雅的事,他希望得到兄长/大姐的建议.斯科特和艾丽尔都鼓励马库斯向玛雅坦白心迹.另一方面:贾尼斯突然感觉到自己隐藏的木马被启动.她和路易商量,路易给她检查后发现没有问题.贾妮斯希望路易给她保密,但是他们的谈话被文斯发觉.文斯犹豫再三,决定让路易自己解决这个问题.这时月球基地得到消息:海顿人开始攻击其他哨兵联盟的盟友!!远征军除了破烂不堪的地球已经没有任何补给基地了!但是远征军也得到了好消息,SDF-3在新盟友的帮助下击退了海顿人很快就要返回地球.
　　
第5集:[地球]
　　
　　远征军决定重建地球的联合政府,动员地球剩余的力量对抗海顿人!马库斯和玛雅受命陪同莱因哈特访问地球抵抗运动的领袖杨威力.会谈并不顺利,杨威力认为地球经过这么多年的大战,已经山穷水尽需要休息,并认为当年派出远征军从而导致地球沦陷,而莱因哈特则认为现在必须集中所有资源打跨海顿人,双方无法取得共识,暂时休会.会议期间,马库斯和玛雅游览了地球的城市,他们沮丧的发现:地球幸存者充满了对战争的痛恨和厌倦!甚至当知道他们是远征军士兵时还责问他们当年遗弃了地球!马库斯与人发生争吵并动手.因为打架入院的马库斯向医院的老医生抱怨地球人没有希望了,医生告诉两位年轻人:虽然人们不愿战斗,但是如果有人再次准备破坏家园的化,肯定会有人再次站出来的!马库斯顿时想起了兰瑟,再次有了信心.最后会谈双方都做出让步.玛雅离开时发现报名打击海顿人的人们排起了长队,她和马库斯都很受鼓舞!
　　
第6集:[木马]
　　
　　爱威尼斯派出了一支更加强大的舰队准备一举歼灭人类远征军.月球基地的暗影系统人工智能觉醒,当然它是海顿人的卧底.人工智能邀请贾妮斯加入海顿的阵营.贾妮斯本想直接拒绝,但是贾妮斯内心突然冒出一个声音诱惑贾妮斯:只有机械的生命形态才是更加完美的进化形式.人类和其他史前能量种族应该走上这条路.这让贾妮斯混乱了.就在月球基地陷入苦战的时候,SDF-3回来了,同时还带来了强大的盟军----希拉率领的因维德军队.原来希拉去找瑞吉斯的时候意外的遇见了 SDF-3,瑞克得知海顿人的阴谋之后果断的向瑞吉斯伸出了橄榄枝.在因维德军队的帮助下,海顿人的进攻暂时被击退了.月球基地的工程师发现海顿人工智能的原代码的来源是贾妮斯,于是莱因哈特下令逮捕贾妮斯.贾妮斯也不能肯定自己是否会在另一个意识的控制之下激活其他的海顿木马.路易决心破解贾妮斯的木马,因为他相信贾妮斯是一个"人类",只是有点特别.
　　
第7集:[内讧]
　　
　　远征军再次和地球抵抗组织会谈.这次莱因哈特主张地球抵抗组织应该将主导权交给远征军,抵抗领袖杨威力则认为远征军应重归地球抵抗政府领导.莱因哈特指责抵抗政府过去曾和因维德人合作,出卖远征军情报, 是人类中的第5纵队!杨威力认为远征军为了击退因维德人竟然使用了可以毁灭自己同胞的中子弹.而且因维德人走后莱因哈特也企图武力解除地球抵抗组织的武装,是企图奴役同胞的军事独裁者!现场气氛十分紧张.这时瑞克将军站出来,承认了远征军使用中子弹的错误,并向地球代表道歉!瑞克表示共同保卫地球才是双方所必须要做的工作,以前发生的事情不应该拿出来讨价还价,评论这些事的对错应该是历史学家,而不是现在的地球保卫者应该讨论的!另一个远征军的将军也占出支持瑞克,并保证首批史前能量母体所产出的史前能量将首先供应能量短缺的某些地球地区!双方并不是没有不明事理的人,接下来的谈判很顺利,组成联合地球政府的选举日期也选定了!会后支持瑞克的将军找到希拉,告诉她:他是瑞克的参谋长远征军中将:米达罗亚.贝尔蒙---兰瑟.贝尔蒙的父亲.
　　
第8集:[家人]
　　
　　按照将军的希望,希拉带着将军回到了她和兰瑟的家,看着儿子的结婚照,将军很伤感.艾丽尔和希拉试图安慰将军,但将军表示自己失去了一个儿子,可得到了一个女儿!希拉告诉将军,如果他参观过他们的"大家庭"也许还会得到更多的儿子和女儿,将军很感兴趣.留在地球上的伦克和伦德都在因维德人的帮助下建设的史前能量农场工作,斯科特很高兴,因为他觉得自己前队员就像自己的家人一样.伦德和伦克告诉斯科特:他们知道了兰瑟的事情,并希望斯科特照顾好自己,不要让艾丽尔成为下一个希拉.斯科特则和伦德开玩笑,说他和罗克结婚后已经变的婆妈了.伦德则说自己只是变得更加成熟了.安妮冒出来问斯科特问斯科特准备什么和艾丽尔结婚.斯科特想起了失去兰瑟的希拉,一脸忧郁.罗克打破了僵局,她认为小组的成员本来就是一个大家庭,彼此之间都是兄弟姐妹.无论有什么痛苦或喜悦都应该大家分享!斯科特不应该因为兰瑟的事情,而逃避他和艾丽尔的事情.受到鼓舞的斯科特在"家人"面前向艾丽尔求婚.米达罗亚将军则说他很愿意以"父亲" 的身份加入儿子曾生活过的大家庭!
　　
第9集:[火种]
　　
　　在月球基地路易继续破解贾妮斯的程序,发现先前叛变的暗影人工智能故意将贾妮斯的代码加入自己的原代码,这根本就是一个陷阱.路易发现了一个惊人的事实:海顿人的弱点!贾妮斯的再造完全是仿照海顿人的无机生命结构.而海顿人无机化的身体内部有一种被路易称为"火种"的生命能量物质,这种介于能量和物质之间结构很有可能是由生命之花进化产生."火种"就是海顿人的核心.贾妮斯身上也有"火种",但是幸运的是贾妮斯并不是海顿人"制造"的.因此没有海顿人缺乏"自我意识"的弱点,同时路易想到在和海顿军队交战时,只要摧毁最高级的"优先指令者",海顿军队就会不战自乱.而贾妮斯身上的"木马"实际是贾妮斯产生的"自我意识"中遗传至海顿人的部分.站在人类还是服从海顿,贾妮斯有完全的自主权!路易把这个成果上报给了联合作战司令部,并要求释放贾妮斯,因为贾妮斯从一开始就站在人类一边.作战司令部进行了辩论.最后在杨威力和米达罗亚将军的支持下,贾妮斯获释,因为没准她就是战胜海顿人的希望.贾妮斯获释后问路易为什么如此相信她,路易回答说:她的歌声非常"人类".贾妮斯听后吻了路易,并告诉路易:一旦某天她不再"人类"了,那么请路易毁了她!
　　
第10集:[团队合作]
　　
　　骷髅中队接到试飞地球抵抗组织利用因维德技术设计出来的"枭龙"战斗机,同时兰瑟的弟弟波布兰也被补充到了骷髅中队并很快和马库斯打成一片."枭龙"飞机因为因维德技术可以探测到海顿人的战机,而且比A/B型更加容易操作和制造.但是每台"枭龙"战斗机必须由一个飞行员+武器使用员组成.马库斯和波布兰一开始并不适应,认为只需要一个人已经足够了,时常指责对方不会操作飞机.玛雅为了说服马库斯和波布兰,决定由她和希拉驾驶一架"枭龙"战斗机对抗马库斯和波布兰分别驾驶的两架"枭龙"战机.结果马库斯和波布兰分别被击落10次,两个小伙子意识到了合作的重要性,并约定等试飞测试结束的时候再和玛雅/希拉对抗.同时马库斯和波布兰分别请教斯科特和希拉两人合作的诀窍.试飞结束时他们遭遇了海顿人,战场就是最好的考场,"枭龙"战机证明了良好的性能,马库斯/波布兰的合作使他们的飞机战绩刚好比玛雅/希拉多击落一架敌机.玛雅奖励了马库斯一个吻.同时大天使接到命令,去火星实验路易博士新开发出来的可以在大气层中使用的"近瞬间分子远程传输"系统.
　　
第11集:[24小时]
　　
　　玛雅在火星试验"枭龙"战机上的"近瞬间分子远程传输"系统时,与海顿战机遭遇,并双双坠落在火星.玛雅的生命维持系统只能支持24小时,找到玛雅并防止"枭龙"落入海顿人手中成为迫切的任务.文斯决定派斯科特组织搜救小组抢在海顿人之前找到玛雅,同时责命路易尽快完成战舰级的"近瞬间分子远程传输"系统.由于人手缺乏加之玛雅的坐机在坠落时损坏了全部的通讯设备,搜救分队的工作显得徒劳无功.时间一分一秒的过去,玛雅生还的希望越来越渺茫了!不过马库斯不愿意放弃,他坚信一定可以找到玛雅.这时大天使号发现火星近地轨道上出现了海顿人的舰队.情况万分危机,路易向文斯保证传输系统可以在大气层内工作,文斯决定用大天使号作为"诱饵"与海顿人周旋,为搜救小组争取时间.与此同时,玛雅发现了离自己不远的海顿人飞机,幸运的是海顿人的通讯器材似乎还可以用.火星的沙爆影响了搜救小组的探测器的能见度,情急之下,马库斯在全通讯频度播放贾妮斯的歌.玛雅收到了歌声,并利用海顿人的通讯器做出回应.斯科特命令搜救小组返回,让艾丽尔找到并带回了玛雅,马库斯比较失望.找回玛雅后, 文斯让路易启动传输系统给海顿人一个惊喜,大天使号在海顿人机群的包围之中跃出了大气层!马库斯为自己错过了一个向玛雅"表示"的机会而懊恼,这时玛雅找到马库斯:她从艾丽尔那里知道是马库斯第一个发现了她!马库斯乘机表白,玛雅说:她只喜欢枪法比她好的小伙子.
　　
第12集:[逃兵-1]
　　
　　贾妮斯和路易通过分析被击落的海顿战机的通讯数据链结构,找到了入侵太阳系的海顿舰队的中央核心的"优先级编号",通过侵入海顿人的通讯,贾妮斯追踪到了海顿人的首舰坐标.根据海顿人的社会结构,击毁首舰海顿人舰队就会不战自乱!为了反击海顿人,瑞克将军制定了"斩首"作战计划!计划的核心就是:"枭龙"战机群,在地球和因维德主力舰队和海顿人交火后利用自身的精确"近瞬间分子远程传输"系统,直接跃迁到海顿旗舰附近,并冲入敌舰找到并俘虏海顿的首领.毫无疑问,骷髅中队是这次行动的主力!但是在米达罗亚将军亲自讲解作战计划的时候,波布兰却提出自己因为恐惧心理,无法作战,要求退出骷髅中队!将军很生气, 认为他是给家族抹黑,下令宪兵逮捕波布兰.马库斯认为自己的朋友决不是胆小鬼,肯定是另有内情!玛雅也支持马库斯的观点.希拉,艾丽尔和斯科特来看望波布兰,他们用兰瑟的事迹来鼓励他.可是波布兰粗暴的拒绝两人的安慰,并认为兰瑟不过是另一个倒霉鬼!希拉听了非常生气,打了波布兰一个耳光,斯科特也认为波布兰是给兰瑟抹黑!但是艾丽尔发现波布兰一直收藏着兰瑟的全部唱片.波布兰被取消了战斗出击,马库斯因为搭档不在,被遍入了为大天使护航的阿尔发战机群. 可是马库斯不愿丢下自己的同伴,因为他相信自己的兄弟不是胆小鬼,最多只是有点"紧张",而且他也知道波布兰心中一直把兰瑟当成英雄和榜样......
　　
第13集:[逃兵-2]
　　
　　马库斯一个人来到禁闭室看望波布兰.波布兰还是自暴自弃的承认自己是胆小鬼.马库斯没有说教,他认为他们好的就像兄弟一样,应该彼此分享喜悦和痛苦,所以波布兰应该打开自己的心扉.波布兰告诉马库斯:因为大家一直拿他和兰瑟进行比较,自己觉得不堪重负.他生怕自己在这次作战中被这种心情影响,从而害了马库斯.所以波布兰宁肯自己被别人认为是胆小鬼或者上军事法庭,他也不想在这种心态下和马库斯去并肩战斗!在禁闭室外知道听到两人对话的艾丽尔和玛雅觉得马库斯更加成熟了.正当马库斯安慰波布兰的时候,大家都进了禁闭室.将军和斯科特先向波布兰道歉----因为他们时常拿兰瑟和波布兰对比!希拉则细数当年她"制服"兰瑟的次数,告诉波布兰:兰瑟并非是传说中无敌的英雄!波布兰的心结终于被解开了,他决定加入这次行动!作战开始,地球/因维德舰队和海顿舰队展开会战.贾妮斯锁定了旗舰的坐标并传给了" 枭龙"机群."枭龙"战斗机群精确跳跃到了海顿旗舰附近,并突入了旗舰内部!海顿人阵脚混乱并派出大量战机进入旗舰混战!再混战中双方损失惨重,玛雅/希拉的战机也受损撤离了战斗.眼看作战就要失败的时候,波布兰破解了海顿旗舰的地图,马库斯驾机强行冲入指挥室俘虏了海顿舰队的指挥官,并成功跃回到了大天使的空域.失去中央核心指挥的海顿舰队陷入各自为战!联合舰队很快获得了优势,并击溃了海顿的入侵舰队!但正如瑞克将军说的那样:反击才刚刚开始!
　　
　　故事并没有结束:在海顿VI一个更大的阴谋正在酝酿,爱威尼斯亲自所率领暗影军队真的快到来了......