人物： 斯科特·伯纳德　伦德　萝克·巴特里　伦克　兰瑟　安妮·拉贝尔　玛琳　达斯蒂·埃尔斯

　　斯科特和其他抵抗小队成员高兴的来到了一个人口众多的小镇，但是很快他们被征募到一个追踪逃犯而临时组建起来的小队当中。这个逃犯的名字叫达斯蒂·埃尔斯。他用残忍手法杀害了小镇上几名士兵。他的踪迹就如同他的杀人动机一样另人不可琢磨。迫于无奈，斯科特小队被分成了两组，搜索周边地区追捕逃犯。
　　搜索途中萝克和伦德遭遇到了因维的巡逻部队，期间他们得到了一个神秘男子的帮助。战斗过后，萝克为这个男人包扎伤口，她发现这个神秘男人的右臂上有明显修补的痕迹。关于他的金属假臂，这个陌生人向她讲述了一个心酸的故事。听了这个故事，萝克和伦德开始明白为什么这个陌生人看起来那么不友好，也对军人也缺乏信任。在回小镇的途中， 萝克还在为这个陌生人的遭遇感到深深同情，而伦德则充满的疑惑：因维人见到这个人就跑了，这还是他第一次看到因维人会如此害怕一个人类。
　　伦克和萝克回到小镇见到了其他的人。刚好其中有个人有达斯蒂·埃尔斯的照片。不知怎么的，伦克和萝克对照片上人就是他们刚才见到的那个陌生人并不感到吃惊。而此时萝克心乱如麻，她决定出发去找个究竟。
　　萝克找到了达斯蒂。 一见到萝克的神情，达斯蒂就知道她已经知道了他是谁。他答应萝克告诉她发生的一切，但要萝克替他保守秘密。
　　为了研究人体器官的功能，因维人把他的身体每一个部分都用史前能量生成的器官代替，而在手术过程中，他们没有用一点麻醉药，这种疼痛可想而知。而那个时候他的朋友就在一边看着这一切的发生，没有做任何营救他的行动，而是让他一个人去死。他现在所杀的这些人就是当时把他抛下的那些朋友。
　　塞拉的片刻混乱救了兰瑟和玛琳，小队的其他成员很快就围了过来把两个人带离战场。大家纷纷揣测为什么外星人没有开火。他们都认为是他的及时赶到分散了外星人的注意力。
　　玛琳还在试图理解她对因维的那种特殊反映。她的心中感到惴惴不安。兰瑟安慰着玛琳，然而心中也在想着刚才发生的一切，看起来那个因维飞行员认识玛琳。在因维蜂房中塞拉也为自己没能够消灭自由战士而感到深深的困惑。

人物： 斯科特·伯纳德　伦德　萝克·巴特里　伦克　兰瑟　安妮·拉贝尔　玛琳　西蒙

　　在曾经是另人神往的纽约城中，兰瑟带着伦德和安妮寻找史前能量。他对这个城市的街道非常熟悉，这使他们很快就找到了因维人存放史前能量的地方。兰瑟看起来有些惆怅，他脚下的卡内基音乐厅曾经是是每个歌唱家都梦寐以求可以登台演出的地方，现在已经被因维人糟蹋的不像样子了。很快兰瑟回到现实，三个人拿了尽可能多的史前能量准备离开，安妮一心只想着多拿一些结果一不小心掉了一罐，响声惊动了卫兵。正当卫兵四处张望之际，一声野猫的叫声分散了卫兵的注意力，他们才得以逃脱。这只野猫是一个小男孩扮的。他把三个人带到了一个安全的地方，在那里兰瑟碰到一个老朋友西蒙,他正在排练一个舞台剧。兰瑟很诧异，因维人居然会允许在这个城市演出节目。
　　在因维的蜂房中，塞拉和考克正在激烈争论着。塞拉坚持认为还有向人类的学习的必要。而考克则认为这种学习已经没有任何必要，除了极少数的人留下在史前能量牧场做工外，其他的人都应该被消灭掉。不顾塞拉的强烈反对，考克自己带领着队伍开始了行动。与此同时这位因维的公主也陷入了矛盾之中，她不知道为什么无法下决心消灭抵抗小分队。她决定找到阿丽尔好好谈谈。考克开始带领着他全副武装的部队展开了大屠杀。
　　居住在这个被占领城市的人们惊惶失措，四散逃跑。兰瑟和西蒙看着大剧院被火吞没，他们设法把演出地点改到了一个地铁的通道中。斯科特见到兰瑟，他建议应该用一场演出来激励人们反抗因维人的斗志，来安慰这些在因维人屠杀中的幸存者。其他的自由战士们则投入与考克部队的战斗当中。
　　塞拉找到了玛琳，告诉玛琳事情的真相，但她的姐妹拒绝接受这一现实，这让塞拉很吃惊。而考克又一次败在了自由战士手下。自由战士们重新确认了他们的坐标，发现他们离反射点只有几个小时的路程了。

人物： 斯科特·伯纳德　伦德　萝克·巴特里　伦克　兰瑟　安妮·拉贝尔　玛琳　苏·格兰姆

　　当抵抗小分队接近目的地的时候，他们听到一声巨响，猩红的火光烧烤着大地，爆炸声此起彼伏。
　　远征军的一艘飞船遭受因维的攻击坠毁到了地面。中尉检查了这一地区，希望能有奇迹出现。一个女人出现在废墟中，手持一部摄像机。她向小队成员自我介绍叫苏·格兰姆，隶属第36战术小分队的情报部，木星分队。作为一名摄影记者，她的任务是为卡特将军记录这里发生的一切。
　　外星人很快就到了。由于敌人人数众多，抵抗战士把他们的飞机藏到了废墟当中，并隐蔽起来。苏则继续拍摄正在接近的敌人，丝毫不顾自己会被发现的危险。
　　苏告诉大家卡特将军的舰队正在做攻打反射点的最后准备，第三攻击单位已经在月球背后的基地机动。太空堡垒主力部队正在回来途中，并装备有一种新型的隐形战斗机 - 型号Shadow。随后苏用她的摄像机向大家展示这种新型的隐形战斗机，它通过对发动机的四维机构设计，来达到对因维的隐形效果。
　　另一个敌人巡逻部队打断了他们的谈话。苏估计外星人正在找另一个新式武器，同步加农炮，它当时随着飞船坠落在这一地区。她把它藏到了附近的一个山洞。小分队取回这件武器未果，为了不让敌人得到有价值的信息，伦德炸毁了大炮。
　　苏的胶片中记录了大量因维人的资料，她对考克特别有兴趣。到目前为止，小队成员一直都以为考克是一个为因维效力的人类，但是当这位王子受伤时，他流着绿色的血液。小队这才意识到这是一个拥有人类外形的外星人。一阵霰弹的爆炸让苏受了致命的外伤，玛琳也被击中，令所有人目瞪口呆，她流出了绿色的血液。玛琳伤透了心，哭泣着跑离飞机坠毁的地方，小队成员则不知所措。

人物： 斯科特·伯纳德　伦德　萝克·巴特里　伦克　兰瑟　安妮·拉贝尔　玛琳　瑞吉斯

　　自由战士集合在反射点外围，等待时机加入卡特将军的攻击舰队的行动。此时小队出现了两派，斯科特，兰瑟和伦克是军人，而萝克，伦德，安妮不是，当士兵们整装待发之际，这些“平民”并不甘心被拉下。
　　玛琳最终接受了她的因维身份阿丽尔。而当她进入大蜂房见到瑞吉斯时候，她却站在了人类的角度，指出人类只想拿回本应属于自己的土地。
　　塞拉则无法控制自己对于兰瑟的情感，临阵倒戈救了他的命。突然间阿丽尔以一种变形的方式出现了，大家几乎认不出来她。
　　阿丽尔告诉这些人类因维的初衷并不是要毁灭人类，而是要寻找一块和平安全的土地生活。自由战士们跟随着阿丽尔进入了大蜂房，在那里他们第一次遇到了因维女王瑞吉斯，听她讲述因维的历史。
　　正当阿丽尔试图说服大家共同寻找一条可以和平相处生活在这个星球的方式时，外太空已经被各种各样的远征军飞船占据，卡特将军的舰队已经进入攻击位置。一场宇宙大战一触即发，和平解决的可能彻底没有了。

人物： 斯科特·伯纳德　伦德　萝克·巴特里　伦克　兰瑟　安妮·拉贝尔　玛琳　塞拉　考克　瑞吉斯

　　考克和斯科特进行着激烈的空战。因维突击骑兵机根本无法抵挡暗影隐形战斗机。他们没有能力同他们看不见的敌人作战。在远征军的舰队又击毁一艘因维的运兵舰之际，斯科特也在其他小队成员的帮助下，结果了考克。
　　瑞吉斯再一次感受到了死亡对她子民的威胁。外星人没有选择的余地，留下遭到屠杀或者永远离开这里。作为因维的母亲，她只能有一次选择的机会。她意识到这种胜利对于双方都是毫无意义的，只会带来更多的仇恨和死亡；尽管因维重建了这个几乎被邪恶摧毁的星球，找寻了一条进化的道路，但是这些都还不够；地球在自然平衡的法则下已经开始自我复苏的过程；然而人类受到机器人统治者的邪恶影响太深了，正在走上一条自我毁灭的道路；因维将会在其他地方继续自己的进化旅程。
　　最后，瑞吉斯化解了远征军玉石俱焚的毁灭性攻击，化成精神凤凰，带领族人撤离了地球。
　　人类在庆祝胜利，兰瑟以黄舞者的身份做最后一场演出，并向公众宣布了他真正的身份。塞拉选择留在地球相伴兰瑟。斯科特接受了他最后的军事任务：去火星基地和部队会合，寻找失踪的SDF-3。伦德和萝克这两个在战斗中的好搭档终于携手人生。安妮和伦克各自组建他们自己的家庭。
　　兰瑟的歌曲又在斯科特耳边响起。这首歌曲在他启程之际，献给他们曾经的指挥官。等待斯科特的不仅仅有朋友——阿丽尔答应他会在她的新家地球等他回来。当斯科特飞离地球时，他扔掉了珍藏多时的项链，痛苦的回忆终于随着过去的信物被丢弃了，他满怀对未来的美好憧憬，飞向茫茫宇宙。