人物： 戴纳·斯特林　缪西卡　鲍威尔·格兰特　佐尔·普莱姆　安吉洛·丹特

　　经历了一番生死搏斗，15小队随着爱默森舰队的残部一起撤回月球阿路司基地。这次和他们在一起的除了外星人佐尔，还有缪西卡。
　　回到地面站，15小队用声东击西的方法掩护缪西卡避开了诺娃的检查。但尽忠职守的诺娃还是察觉出蛛丝马迹。她尾随15小队到了哈瓦那酒吧，在她的追问下，缪西卡很快露出马脚。而自从回来之后就一直情绪低落的佐尔更是反常，不但语出惊人，让局面更加混乱，还在不久后向诺娃告发了缪西卡的存在。
　　在泰洛母舰上，由于缪西卡的叛逃，她的妹妹们被关了起来。机器人统治者不安的意识到类似的叛逃将会继续，一方面因为人类情感的冲击，另一方面因为船载史前能量即将衰竭。
　　缪西卡因背叛种族而心烦意乱，她时刻惦记着太空中的妹妹和乡亲。在鲍威尔和戴纳的帮助下她尝试着改换心情，融入新环境。走廊里的戴纳忽然听到了缪西卡的歌声，这首神秘歌曲让她想起她曾经见过歌里说的生命之花。与此同时，接到密报的诺娃带领宪兵闯进队部捉人，而告密者是佐尔这一事实更让戴纳和队员出乎意料。戴纳和诺娃周旋未果，但随即诺娃惊讶的发现，鲍威尔和缪西卡已经先她一步逃进了森林。诺娃认定是戴纳拖延时间，对此大为恼火。

人物： 戴纳·斯特林　诺娃·萨托里　缪西卡　鲍威尔·格兰特

　　机器人统治者正面临着前所未有的威胁。佐尔的变节，克隆人的造反，缪西卡的叛逃，是泰洛人整个社会瓦解的一种先兆，而最关键的是他们的史前能量已有70％被生命之花所吮吸污染，因此整个泰洛文明也渐趋衰退。为了弥补这种损失，他们决定改变战略，赶在因维人到来之前夺取地球上所有未受污染的史前能量，即使那样会毁了地球也在所不惜。
　　驻留在阿路司基地的爱默森将军发现泰洛军队已经发动了总攻，并接到了伦纳德司令关于和敌人决一死战的命令。他心情沉重的通知刚结束战斗的玛丽和布朗再次出击。
　　鲍威尔和缪西卡连夜出逃。因为告密的事佐尔受到戴纳的指责，但他表现出来的消极态度让戴纳震惊不已。经过一夜的奔走，第二天清晨鲍威尔和缪西卡来到SDF-1的废墟。这里的花和上次鲍威尔看见的已经大相径庭，所有的花都正陆续开放，散播出无数金黄孢子。缪西卡认出这些花正是生命之花，生命之花依靠史前能量母体哺育而成，它的主人因维人是人类和泰洛人的共同敌人，而现在花朵已经完成了进化，它们散发出的孢子正召唤着宇宙深处的因维人赶来地球。无数人追寻的史前能量母体终于被年轻的逃亡者发现，可这对于人类和泰洛人双方来说都为时已晚。
　　诺娃跟踪15小队一直抵达废墟，他们都没发现佐尔也尾随而至。生命之花盛开的壮观景象终于惊醒了佐尔·普莱姆沉睡着的前身记忆，他回想起他的本体——原始佐尔的所有计划和梦想，记起了前尘的因果恩怨，也洞悉了机器人统治者的阴谋。
　　近地太空中，爱默森将军亲上前线指挥。最后的决战开始了。

人物： 戴纳·斯特林　佐尔·普莱姆　机器人统治者

　　决战正在太空中激烈的进行。随着战斗逐步升级，机器人统治者发现旗舰已不堪重负，于是下令抛弃所有伤员和百姓，并给克隆人战士注射了止痛血清以使军队能战斗更久，这种残忍手段给了统治者最后的优势。
　　废墟里，诺娃坚持要逮捕缪西卡。为维护缪西卡，戴纳和诺娃爆发了激烈争论。但鲍威尔和戴纳的话最终打动了诺娃，诺娃改变了初衷。
　　为在外围狙击敌人，爱默森舰队不得不疲劳应战，在泰洛人的猛烈攻势下渐渐坚持不住。但他的支援请求却遭到伦纳德司令的拒绝。这时泰洛人的登陆艇已强行登陆地球，伦纳德也收到了机器人统治者的最后通谍，要求所有人类在38小时内全部撤离地球，否则就摧毁地球。伦纳德把最后期限拖延到了48小时，同时下令全军紧急集结，准备决一死战。
　　三星旗舰力战不敌，玛丽和布朗救出了爱默森将军，但在撤退过程中他们不幸被俘。与此同时，机器人统治者和废墟上的佐尔等人取得了联系。他们以被俘的爱默森将军和玛丽、布朗为条件，要挟缪西卡和佐尔回到自己的阵营。佐尔答应了交换条件，他和戴纳决定了一个冒险计划。
　　15小队带着缪西卡进入泰洛母舰，如期救出了被俘者，但统治者抢先一步截走了缪西卡。为救缪西卡，爱默森中弹身亡。临死前，他向年轻人们表达了希望将来不同种族能和平共处的心愿。悲伤的战士们忽然发现佐尔不见了。此时，再次登上红色机甲的佐尔正循着他记忆中的路线独自杀向旗舰深处，复仇的怒火在他的胸中升腾。

人物： 戴纳·斯特林　佐尔·普莱姆　罗尔夫·爱默森　肖恩·菲利普　玛丽·克里斯托　鲍威尔·格兰特　缪西卡　机器人统治者

　　统治者设下的圈套被15小队打破，战士们和玛丽、布朗会合，在旗舰中奋力突围。离开旗舰之前，戴纳发现佐尔没有跟上，她立刻离队前去寻找。而缪西卡也感受到姐妹和乡亲们发出的绝望呼救，她说服了战士们跟她前去救援。但随即援救者却发现百姓们的太空收容舱已被抛弃在旗舰外，他们缺乏能源支持，即将死去。
　　佐尔深入旗舰核心地带，遭到昔日战友卡诺的狙击。危急时刻戴纳赶到救了寡不敌众的佐尔。佐尔向戴纳吐露了复仇的心愿。一场疯狂冲杀之后，他们闯进旗舰的指挥部。统治者认为佐尔不会真正背叛自己，因为他的生命和史前能量息息相关。而佐尔却出乎意料的击毁了所有的史前能量瓶。戴纳奋不顾身的接住了最后一个史前能量瓶，瓶内的生命之花使戴纳产生了奇特的幻觉，她与生俱来的天顶星人记忆被唤醒了。
　　地面上，全球联合武装溃不成军，司令部被迫撤退，但伦纳德却高傲的坚持独自留下，要坚守到最后一刻。太空中，15小队的其他成员设法登上了收容舱，救出了泰洛难民。撤退时他们再次遭到固执的卡诺军队的围攻，奥塔维娅中弹身亡。留守的肖恩及时支援，战士们带着幸存的泰洛难民登上运输舰，飞向地球。
　　旗舰终于抵达SDF-1的废墟上空，巨大的生命之花养殖场被武力打开，统治者们正为收获史前能量的胜利时刻而庆贺，佐尔和戴纳赶到阻止了他们。混战中统治者们被逐一击毙，失去控制的旗舰朝纪念碑市坠去。佐尔把戴纳送进弹射舱，为了保护人类的城市并摧毁废墟里的生命之花，他最终和旗舰同归于尽。然而佐尔的高尚行为只挽救了地球目前的危机，却使未来的灾难更加复杂——大爆炸释放了生命之花中的变异孢子，它们在地表上四处远播, 地球将变成一个巨大的生命之花园。
　　第二次宇宙大战结束了，人类以惨痛的代价收获了苦涩的胜果。伤痕累累的地球即将再次重建，而不久后人类就将面临另一个更凶险的威胁……