人物： 戴纳·斯特林　路易·尼可斯　佐尔·普莱姆　安吉洛·丹特　罗尔夫·爱默森　克伦威尔少校

　　在人类军队发动另一次进攻的前夜，机器人统治者察觉到新的威胁——来自太空深处的因维探测星云即将抵达地球。这种气态星云在宇宙中到处飘荡，搜寻着史前能量。统治者十分担心因维人将很快来到地球，夺回原本属于他们的生命之花。 　　　　
　　地球上，戴纳和15小队在备战的空闲中着迷于路易自制的射击视频游戏。路易的新作“瞳孔手枪”借用神经脉冲对瞳孔运动的感应来控制射击点，达到了极佳的击坠效果。机器人技术部的克伦威尔少校看中了路易的新游戏，提议将游戏正规化，应用于模拟训练系统中。路易和戴纳日夜埋头于调试自己的新发明中，最后的新程序极其完善，操作者可以轻而易举的百发百中。 　
　　试图进入月球露娜基地轨道的爱默森舰队遭遇了敌舰的重重包围。在第6拉格朗日点上，旗舰三星号陷入困境，爱默森不得不冒险采用机器人技术制造出名为“分子真空”的新环境——一种轨道翘曲空间。旗舰在两公里范围内弯曲了时空，终于成功的把轨道外的大部分敌舰卷入黑洞。而位于翘曲空间中心的三星旗舰安然返回，人类又一次获得了胜利。 　　
　　被改装成能够空降登陆战的气垫坦克被发放到15小队。路易惊讶的发现所谓的新系统就是自己的程序，他对自己的心血被应用于杀戮武器愤怒已极，但他和戴纳的强烈抗议最后还是被佐尔冷静的拦阻了。
　　统治者的旗舰上，克隆首领展示了极具威力的新机甲——因维斗士。

人物： 戴纳·斯特林　佐尔·普莱姆　

　　来自超太空的援军对自由空间站第一次遇袭时发出的求救信号做出了回应。第85运输中队的飞船抵达了月球阿路司基地，受到了爱默森将军的热烈欢迎。机器人统治者监视着人类的备战工作，发现人类并未对因维探测星云做任何准备，人类的所有备战都针对统治者的进攻。
　　地球上，备战工作仍在继续.15小队即将成为新一轮反攻中的空降突袭队,待命的队员们人人焦躁不安，但在佐尔的开导下队员们又重拾信心，除了忧心忡忡的鲍威尔。出征前，戴纳找到鲍威尔谈心，鲍威尔勉强地接受了她的意见。
　　战斗开始，爱默森将军使用大规模导弹攻击打破了机器人统治者的能量屏障，并在敌舰外壳上撕开一道口子。15小队用改装后的气垫坦克在泰洛旗舰上成功登陆。机器人统治者动用新机甲因维斗士以阻止对方攻入。这种机甲的战斗技术使用了真正的三位一体理念，三具机甲从行动到思想都如出一辙，具有强大的攻击力。15小队与它们短兵相接，被压制在裂口处，但不久安杰洛就发现对方的弱点在脸部。15小队突破封锁，闯入旗舰。与此同时，爱默森的舰队由于敌人攻势太猛而不得不后撤。
　　旗舰中，机器人统治者震惊的意识到15小队已发现了因维斗士的弱点，即将长驱直入，情急下他们只得激活佐尔的大脑控制器，重新起用他。再度受制于人的佐尔突然逃离了队伍，戴纳不顾一切的紧追不舍，安杰洛紧随其后，其他的队员却被因维斗士乘机困住。最后，戴纳在空无一人的大厅里找到了已重新驾驶红色生物人的佐尔。他冷漠的嘲讽戴纳和15小队已中了圈套，成为了俘虏。

人物： 戴纳·斯特林　佐尔·普莱姆　机器人统治者　路易·尼可斯　安吉洛·丹特　肖恩·菲利普　鲍威尔·格兰特　缪西卡　奥塔维娅　阿丽格拉　拉迪尔

　　泰洛旗舰中，佐尔突然叛变，变得狂暴而失控。戴纳不甘心的追踪而去，她的呼唤在佐尔大脑里引起了巨大震荡。机器人统治者不得不重启了佐尔的大脑控制器，他们后悔在他身上白费了太多时间，他们实在无法理解戴纳对他所产生的影响力。
　　佐尔消失了，15小队陷入了绝境。戴纳认为必须先找到旗舰的指挥中心并夺取它才能设法突围，队员们潜入泰洛金壁辉煌的太空城市，藏身于平民之间。一场全城搜捕开始了，小队被卫兵冲散，兵分两路寻找出路。戴纳和鲍威尔、路易在消毒室里偷换了泰洛人的服饰，溜进生物稳定实验室。这个名为实验室的墓地，安置着无数玻璃棺材以及诡异的精神稳定装置。
　　逃离实验室之后，戴纳误打误撞的闯进了思维净化区，遇见了一个友好的泰洛人拉迪尔。他是一个因有自主思维而被剥夺了身体的人，他告诉戴纳，只要拥有个性或不安分的思维，就会被关押到这里，进行洗脑以灌输温和驯服的稳定思想。戴纳目睹了统治者对泰洛克隆人个体的奴役，和泰洛人自身的麻木，感到十分愤怒。
　　追捕惊动了缪西卡，她独自外出寻找，终于找到了逃亡中的鲍威尔。他们俩在巨大的生命之花孢子球下互诉衷肠。可紧接着鲍威尔就被卡诺和卫兵们俘虏。脱逃的路易找到旗舰的控制中心，企图摧毁能量塔，却被具有生命力的能量反制住。躲在思维净化区里的戴纳也被卫兵包围，拉迪尔为掩护她而身亡。肖恩和安吉洛也没能逃过劫数，15小队最后一一落网。

人物： 戴纳·斯特林　佐尔·普莱姆　鲍威尔·格兰特　缪西卡　机器人统治者　安吉洛·丹特　路易·尼可斯　肖恩·菲利普　玛丽·克里斯托　罗尔夫·爱默森　罗彻尔上校　奥塔维娅　阿丽格拉　卡诺

　　被俘的小队成员们在囚室里互相埋怨不休，机器人统治者对此表现迷惑不解。同时统治者们也对佐尔的状态极其担心，他们相信必定有什么事情使他已对人类产生了情感，因此必须重编佐尔的记忆。正在这时佐尔失踪了，这使统治者们十分紧张。
　　与此同时，佐尔却茫然地在巨大的住宅区里到处乱跑。恍惚中，他看见了纪念碑市和戴纳的身影，对戴纳形象的记忆给他带来了强烈的冲击。为地球俘虏而忐忑不安的缪西卡找到了他，告诉他统治者已决定重编他的记忆。突然克隆人首领和卡诺等卫兵出现，抓走了佐尔。缪西卡哭了，但她并没死心，她决心自己营救鲍威尔等人。
　　处决15小队的命令下来了，队员们被带出囚室。躲在暗处的缪西卡利用无人飞车救出了队员们，并带领队员们来到旗舰的控制中心。佐尔的记忆重编也在这里进行。当他的真实记忆被回输完成的时刻，15小队冲进控制中心营救了他，佐尔终于回忆起在地球上的生活。
　　爱默森的舰队卷土重来，对泰洛旗舰开始新一轮进攻。15小队借机突围，危急关头佐尔再次驾驶红色生化机器人，在他的掩护下，15小队带着缪西卡冲出旗舰和爱默森舰队会合。之后佐尔炸毁了控制中心的能量塔，旗舰中心发生了巨大爆炸。正当戴纳为佐尔没能逃离而悲伤哭泣时，却惊喜地看见佐尔成功脱险。爆炸中，旗舰的军民紧急转移，而整艘旗舰最终化为灰烬。目睹旗舰爆炸的缪西卡默默地向姐妹道别，跟随15小队向地球飞去。