人物： 瑞克·卡特　丽莎·卡特　T·R·爱德华兹　文斯·格兰特　艾米尔·朗　贾妮斯　维特　布里泰　艾可西多　杰克·贝克　凯伦·潘　 迈尔斯·柯克伦 路易·尼可斯 瑞金特

　　2022年，由丽莎·卡特上将率领的远征军离开地球，他们的使命是前往宇宙深处，到源头去阻止对人类的威胁。经过数十年的征战，终于在机器人统治者的家园——泰洛星取得了来之不易的和平，可地球却被神秘的因维人占领。远征军以为因维人是最后的威胁，但他们很快发现，最大的威胁其实来自内部，一场摧毁远征军的计划浮出水面……
　　长期掌管外星技术的T·R·爱德华兹将军不满将控制权交还给远征军议会的决议，密谋勾结因维摄政王瑞金特，绑架明美，叛变远征军。狼中队奉命拦截爱德华兹，由于无法锁定敌人神秘的暗影战斗机，几乎全军覆没。鉴于损失惨重，SDF-3号舰长丽莎·卡特上将下达炮轰叛军命令。就在此时，因维摄政王瑞金特的航母突然出现在战场，瞄准了SDF-3号即将开火的反射炮，发出致命的一击！爱德华兹与瑞金特趁乱逃离了泰洛，不知去向。SDF-3号受损严重，几乎被摧毁殆尽，而丽莎也身受重伤，不省人事。
　　远征军从爱德华兹未及销毁的资料中发现他已经发明了一种隐形技术，更为震惊的是，这种技术得到了来自因维人的帮助！由于爱德华兹对远征军了如指掌，他的叛逃是一个致命的威胁。为了早日解密神秘的暗影技术，哨兵同盟主动支援远征军，海顿人负责协助研究爱德华兹的新技术，卡巴拉人负责修理远征军受损的战舰。
　　

　　一年之后，德川号战舰率先升级完毕，文斯·格兰特上校临危受命，担负起追捕叛徒的重任。他们在因维母星奥普特拉发现了爱德华兹和因维摄政王的行踪，但被对方的暗影技术打的措手不及，摄政王瑞金特趁火打劫，大批因维战机向德川号袭来。人类与布里泰的天顶星精锐部队向入侵者发起了反攻，成功地突破了因维机甲的防线。天顶星战士所向披靡，瑞金特急欲调遣因维部队回航护驾，却发现整个军队都疯狂地向人类战舰冲去，对自己的命令居然毫不理会！而这一切都在爱德华兹的掌控之中，他利用暗影技术夺得了对因维机甲的控制权。爱德华兹下令同步大炮瞄准因维超级航母开火，巨大的爆炸将德川号震离了轨道，失去平衡伤痕累累的德川号向奥普特拉行星表面坠落，在通讯系统完全失灵前，向远征军本部发出最后的求救信号。
　　在泰洛和自由号空间站，用暗影技术来改造远征军战舰的工作正同步展开。经过朗博士的机器人技术小组和海顿人、卡巴拉人的共同努力，SDF-3号浴火重生。正是爱德华兹的发明成功帮住了远征军用暗影技术改造了舰队，海顿大使维特却发现爱德华兹努力多年的研究成功，其实是一种失传已久的古老的海顿技术。这种技术利用暗影时空场，在史前文化能量放射域周围产生第四维漂移，使反射源对于任何形式的探测均为不可见。维特大使还为朗博士制造的人造人贾妮斯的新躯体提供了大量技术支持。SDF-3号在护卫舰的陪同下从泰洛来到自由号空间站，准备安装新折叠引擎和反射炉。路易·尼可斯博士陪同瑞克·卡特将军巡视用新暗影技术改装舰队的进展，包括新型重装甲级别的殖民舰，而建成后的第一艘，将是“方舟天使”号。
　　

　　在奥普特拉，文斯及德川号全体船员都被爱德华兹俘虏，带入了因维主蜂房。爱德华兹成为了因维人的实际统治者，奥普特拉上所有的军队、资源、技术都由其控制与调遣。文斯指责爱德华兹用外星技术杀死自己的同胞，背叛了远征军、背叛了地球，不仅是叛徒，还是杀人狂和伪君子！爱德华兹强调自己的行为都是为了保护地球，为了把地球从外星人的统治中解放出来！他要用瑞金特的军队来对付盘踞在地球的因维女王瑞吉斯，以其人之道还治其人之身。爱德华兹指责远征军议会软弱无知，宁愿与外星人签订“和平条约”，而不愿为人类在宇宙中战斗出一个应有的地位!
　　为了使文斯臣服于自己的统治，爱德华兹将德川号船员带到了因维“起源坑”——因维人进行控制进化的实验室，凡是掉入坑中的人都会变成毫无思想、力大无穷的怪物。爱德华兹给了文斯最后的选择，要么作为人类自愿帮助他，要么成为怪物任由他支配。
　　就在爱德华兹准备实行他残忍的计划时，因维主蜂房在没有任何预兆的情况下，遭到了攻击。远征军崭新的暗影军团犹如天兵天将成功登陆奥普特拉。因维军团毫无反抗之力，而同样装备有暗影技术，由爱德华兹领导的幽灵中队在远征军狼中队面前一败涂地。自由号空间站收到了德川号的求救信号后，瑞克与丽莎亲自率领SDF-3号马不停蹄的赶往奥普特拉。瑞克带领着骑兵部队突破因维防线，占领了因维主蜂房，包围了叛乱分子，却遭到了爱德华兹的怪物军团的袭击。突然明美出现在爱德华兹的面前，还没等爱德华兹反映过来，“明美”变成了贾妮斯。原来是人造人贾妮斯假扮明美，趁机接近爱德华兹。贾妮斯告诉瑞克攻击因维主脑，那是爱德华兹控制怪物军团的关键。搏斗中，贾妮斯、爱德华兹还有被摧毁的因维主脑一起跌入了起源坑中。 　

　　正当大家以为一切都结束时，整个远征军都被眼前的景象惊呆了。爱德华兹与因维主脑合二为一，变成了半人半鬼的超级异形。在奥普特拉上空，数十个不明物体受到他的控制，朝SDF-3号开来。瑞克要求丽莎在不明物体接近SDF-3号前，启动同步大炮向因维蜂房开火，可丽莎担心瑞克也会丧命。文斯惊喜地发现人造人贾妮斯仍旧“活着”，依附在爱德华兹身上，贾妮斯要求瑞克与德川号全体人员立即离开蜂房，表示自己会对付爱德华兹。瑞克等人乘上了爱德华兹的伊卡路斯号战舰，贾妮斯将自己的坐标信号发送给了SDF-3号，要求丽莎立刻开火。SDF-3号同步大炮向罪恶的叛徒发出致命的一击，而贾妮斯也在最后一秒将自己的数据远程传送给了新躯体。叛徒得到了应有下场，奥普特拉也复归平静，多年的战火与挥霍，早已成为了一颗毫无生气的死星。
　　经检测，SDF-3号从奥普特拉带回的不明物体是中子弹头，这些弹头足够摧毁一整个星球的表面。远征军议会对是否使用中子S导弹来对付地球上的因维人争执不已。使用中子S导弹使无数的远征军战士免予牺牲，而代价却是要毁掉地球上所有的生命。瑞克对议会的争执沉默无语，而莱因哈特将军坚决不惜一切代价收复地球的言论，促使瑞克决定如果采用了暗影技术也无法打败因维人的话，那将别无选择，只能使用中子S导弹作为一种最后的手段。并且表示先在太空深处实地测试其中一枚导弹。
　　海顿大使维特提供了大量的技术帮助远征军改造中子S导弹，并且提醒瑞克远征军拥有了史上最强杀伤力的武器。按照瑞克的命令，远征军主力部队已经在阿路司号月球基地集合。杰克·贝克护送林明美回泰洛星，泰勒接替杰克成为狼中队新队长。玛娅接替父亲麦克斯成为新任骷髅中队队长。路易·尼可斯博士被文斯·格兰特上校“强行拉到”伊卡路斯号，成为了舰桥首席科学家。而对中子S导弹的测试也在遥远的奥密克戎区紧锣密鼓地进行着。
　　一场空前绝后的大战即将打响。