人物： 瑞克·卡特 冈瑟·莱因哈特 文斯·格兰特 路易·尼可斯 贾妮斯 玛娅·斯特林 斯科特·博纳德 爱丽尔 瑞吉斯 马库斯·拉什 阿历克斯·罗梅洛 达瑞尔·泰勒 吉英·格兰特 玛琳·拉什 斯派克司 维特

　　机器人技术的降临将人类带往了群星之间，可地球却屡次遭到外星武装的入侵，最终被神秘的因维人占领。如今太空堡垒远征军已是新生一代，他们回航地球，为夺回家园而战。
　　2044年7月。两位年轻的飞行员马库斯·拉什中尉与阿历克斯·罗梅洛中尉被派往地球轨道执行侦察反射点的任务。在阿路司号月球基地集结的第三地球收复军团由莱因哈特将军统领，根据传回的情报，莱因哈特布置了进攻方案。3号进攻大队留守等候瑞克·卡特将军。2号进攻大队使用暗影装置，避免被敌人探测。1号进攻大队已经在地球表面集结，只有等到1号大队打通前往反射点的道路后，其他大队才能开始进攻。但如果1号大队无法占领反射点，那将别无选择只能使用中子S导弹以结束因维人的统治。
　　文斯对SDF-3号还没有到达基地很是担心，主动要求带领伊卡路斯号去搜寻。就在这时，从奥密克戎区传来了瑞克的信号。瑞克表示一切按原计划进行，一旦中子S导弹测试完毕将马上赶来参战。正说着说着，突然有一声巨响从屏幕传来，信号就此中断。莱因哈特批准了文斯的搜救请求，并且叮嘱文斯要确保SDF-3号上的史前文化母体的安全，除了伊卡路斯号，不要告诉其他任何人关于这此事。一种不安感在莱因哈特的心中慢慢升起。

　　此时盘踞在地球上的因维人由女王瑞吉斯统领。一方为了占领宇宙中最后一块的史前文化的繁殖地，而另一方为了夺回祖先的家园。空前激烈的大战在地球空间打响。因维大军如狂风暴雨、遮天蔽日般向远征军袭来，一批又一批年轻的生命向他们素未谋面的家乡冲去。
　　因维人发动自杀袭击战术渐渐占据了优势。形势在转变，远征军遭受重创，暗影战机中队损失惨重，泰勒少校不幸牺牲。莱因哈特完全失去了与地面部队的所有联系，进攻反射点的行动彻底失败。面对如此严峻的形式，莱因哈特被迫下达了向地球发射中子S导弹的命令。即使要以抹平半个地球为代价，也必须结束因维人的统治。因维女王瑞吉斯认出向因维蜂房袭来的中子S导弹正是暗影之子的武器，与人类和平共处绝无可能。在爱丽尔的劝说下，瑞吉斯认识到这种胜利对于双方都是毫无意义的，只会带来更多的仇恨和死亡。地球人受机器人统治者的阴影太深，正在走上一条覆灭之路。为了因维人的未来，瑞吉斯决定带走地球上所有的史前文化，带领着种族化身为精神凤凰，摧毁了所有的中子S导弹拯救了地球。
　　在宇宙的另一边，文斯率领着伊卡路斯号抵达了奥密克戎区，却被吸入了黑洞中。路易·尼可斯博士设计了一个作战方案使他们平安地逃脱了黑洞。随后文斯联系上了SDF-3号。瑞克告诉文斯，中子S导弹有致命错误，SDF-3号与科学探测舰丢卡利翁号受到了严重的损毁，强烈要求他们快回地球警告莱因哈特不要使用中子S导弹。正当文斯决定立即联系SDF-4号时却遭到了不明敌人的袭击，与瑞克的联系也被切断。文斯企图靠近SDF-3号利用空间折叠把她与丢卡利翁号一起带回地球。敌人却在折叠启动前一秒对SDF-3号发动了自杀性袭击，使SDF-3号偏离了折叠范围。无奈之下，文斯只能留下SDF-3号，带着丢卡利翁号先行返回了地球，期望还来得及警告舰队。身受重创的SDF-3号孤零零地飘向了黑洞......
　

　　反射点大战结束后，伊卡路斯号和丢卡利翁号返回至月球轨道，却被三艘不明敌机追击，所幸被路过的斯科特·博纳德所救。莱因哈特派路易和玛娅察看丢卡利翁号的情况。船上所有的人都死了，但他们意外地发现了机器人贾妮斯。路易修复了受损的贾妮斯，两人很快成为了好朋友。贾妮斯告诉路易关于暗影技术与海顿技术的来历，表明自己是人类科技与海顿科技的结合体，海顿人将暗影技术通过自己传授于地球人。然而贾妮斯也无法解释暗影技术为什么会有潜在的错误。
　　回到基地的斯科特与马库斯重聚，喝酒叙旧。瑞吉斯告知爱丽尔暗影之子即将攻击人类，一个空间站将被摧毁。爱丽尔冒险潜入月球基地提醒斯科特要当心暗影之子。马库斯意外发现了爱丽尔的因维人身份，异常愤怒，想杀死爱丽尔，却被斯科特阻拦。马库斯责问斯科特为什么要袒护杀害她姐姐的外星人，甚至怀疑斯科特是因维人的间谍。
　　斯科特因袒护因维人而被远征军审问。斯科特表示因维人离开地球的真正原因是因为他们看到了中子S导弹，而暗影之子曾经用中子S导弹摧毁了因维人的故乡。现在暗影之子准备进攻远征军的自由号空间站，因为他们要消灭一切使用史前文化的种族，而所谓的暗影之子就是和远征军结盟的海顿人。莱因哈特对斯科特的说法嗤之以鼻，可远征军失去与自由号空间站联系的消息让莱因哈特不得不接受事实。斯科特和爱丽尔设法让文斯相信海顿人会惹麻烦。莱因哈特派文斯带着伊卡路斯号去自由号空间站察看舰队的情况，随同前往的还有斯科特、爱丽尔、贾妮斯和玛娅·斯特林领导的骷髅中队。

　　在遥远的自由号空间站上，远征军遭到了海顿舰队的突袭。海顿人放射断裂波致使远征军的暗影装置过载而导致爆炸。文斯命令骷髅中队放弃使用暗影装置，所有舰队撤退回自由号空间站。骷髅中队在撤退途中遭遇海顿战机的追击，阿历克斯开启同步大炮想轰掉对方，不料同步大炮也在海顿人的干扰下失灵。为了保护中队顺利撤回基地，阿历克斯与敌机同归于尽。伊卡路斯号停靠在自由号空间站上。阿历克斯的牺牲让文斯想到了一个对策，他在船坞中找到一艘没有安装暗影技术的船——方舟天使号殖民舰，并且决定引爆一枚中子S导弹来摧毁海顿人的舰队。他下令自由号空间站全体人员立即撤离至方舟天使号殖民舰。在爱丽尔远程传送的帮助下，全体人员成功地撤离到了方舟天使号。斯科特和文斯驾驶着旋风车在空间站里启动中子S导弹的计时器。骷髅中队奉命在空间站外牵制海顿人的进攻，以便方舟天使号有足够的时间进行撤离。倒计时最后一秒，方舟天使号执行超空间折叠回到了地球轨道。海顿人万万没有料到地球人会摧毁自己的基地，自由号空间站和海顿舰队在中子S导弹的爆炸中灰飞烟灭。
　　莱因哈特和文斯断定海顿人就是新的敌人。莱因哈特命令文斯继续营救卡特上将和SDF-3号，远征军的史前文化储存只剩下不到一年的供给，赢得这场战争的唯一希望就是要赶在敌人之前找到史前文化母体。玛娅和马库斯、路易和贾妮斯成为了新的拍档。
　　方舟天使号带着人类的希望向未知的领域前进。暗影编年的序幕才刚刚拉起，宇宙传奇史诗再度起航。